Sơ đồ tổ chức

 
  1. Cơ cấu tổ chức của Cảng vụ Hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh gồm có
    • Phòng Tổ chức – Hành chính;
    • Phòng Tài chính – Kế toán;
    • Phòng Quản lý kết cấu hạ tầng;
    • Phòng An toàn – An ninh hàng hải;
    • Phòng Thủ tục tàu thuyền;
    • Phòng Điều phối giao thông hàng hải;
    • Đại diện Hiệp Phước;
    • Đại diện Cần Giờ;
    • Đại diện Long An;
    • Đại diện Vũng Tàu;
    • Đại diện Thị Vải;
    • Đại diện Côn Đảo.
  2. Giám đốc Cảng vụ hàng hải quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các phòng và đại diện sau khi được sự đồng ý của Cục trưởng Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam.
  3. Cảng vụ hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh do Giám đốc lãnh đạo, các Phó Giám đốc giúp việc. Giám đốc do Cục trưởng Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm. Phó Giám đốc, Kế toán trưởng do Cục trưởng Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc. Trưởng phòng, Trưởng Đại diện, Phó trưởng phòng, Phó trưởng đại diện do Giám đốc bổ nhiệm, miễn nhiệm.